پژوهش حاضر با هدف تبیین الگوی تحلیلی رفتار نظام جمهوری اسلامی ایران در قبال گروه‌های معارض، با تمرکز بر سازمان مجاهدین خلق، انجام شده است.پژوهش استدلال می‌کند تحولات رفتاری سازمان مجاهدین به سه دوره "مبارز و مخالفت" علیه رژیم پهلوی (پیشا انقلاب)، "مخالفت" علیه جمهوری اسلامی (۱۳۵۷-۱۳۶۰)، و "معارضه" علیه جمهوری اسلامی (از ۱۳۶۰ تاکنون) قابلیت تقسیم است. یافته ها بر چند نکته تاکید دارد: 1. حکمرانی امام خمینی ره در قبال سازمان مجاهدین خلق، مبتنی بر مبانی فقه سیاسی شیعه، سیره پیامبر اکرم(ص) و امام علی(ع)، و نیز چارچوب جامعه‌شناختی رفتارهای سیاسی، امری تدریجی، گام به گام و متناسب با تغییرات راهبردی سازمان مجاهدین بوده است. 2. مواجهه جمهوری اسلامی با سازمان مجاهدین به مثابه گروه مخالف، مبتنی بر مدارا، نصیحت و هدایت بود، اما با گذار سازمان مجاهدین به فاز خشونت و همکاری با دشمن خارجی (رژیم بعث عراق)، رفتار جمهوری اسلامی به خشونت مشروع ـ مستند به احکام «محاربه» و «بغی» ـ تغییر یافت. 3. کنش جمهوری اسلامی در قبال سازمان مزبور، نه‌تنها در چارچوب اصول شرعی و عقلانی قابل دفاع است، بلکه به مثابه الگویی نظری-عملی برای مواجهه با دیگر گروه‌های معارض نیز قابل بازتولید است.